# MCPcounter 安装指南
博客来源：https://blog.csdn.net/m0_/article/details/
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方法一：从 GitHub 在线安装 MCPcounter
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安装依赖包
install.packages(c("devtools", "curl"))
加载 devtools 库
library(devtools)
从 GitHub 安装 MCPcounter
注意：如果遇到 HTTP 403 错误，需要设置 GitHub PAT Token
install_github("ebecht/MCPcounter", ref="master", subdir="Source")
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GitHub PAT Token 设置（解决 403 错误）
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1. 访问 https://github.com/settings/tokens 创建新的 Personal Access Token
2. 在 R 中运行以下命令编辑环境变量
usethis::edit_r_environ()
3. 在打开的文件中添加：
GITHUB_TOKEN="YOUR-PAT-TOKEN-HERE"
4. 保存文件并重启 RStudio
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方法二：本地安装 MCPcounter
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1. 首先下载 MCPcounter.tar.gz 文件
可以从 GitHub releases 页面下载：
https://github.com/ebecht/MCPcounter/releases
2. 本地安装命令
将路径替换为实际下载的文件路径
install.packages("MCPcounter.tar.gz", repos=NULL, type="source")
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验证安装
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加载 MCPcounter 包验证是否安装成功
library(MCPcounter)
显示包信息
packageVersion("MCPcounter")
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使用示例
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MCPcounter 用于从基因表达数据估计免疫细胞和基质细胞丰度
基本使用流程：
1. 准备基因表达矩阵（行：基因，列：样本）
2. 调用 MCPcounter 函数进行估计
result <- MCPcounter.estimate(expression_matrix)
3. 查看结果
head(result$abundances)
cat("
") cat("MCPcounter 安装完成！ ") cat("============================================ ") cat("使用方法： ") cat("1. 在线安装：运行上述 install_github 命令 ") cat("2. 本地安装：下载 tar.gz 后使用 install.packages 命令 ") cat("3. 如遇 403 错误：设置 GitHub PAT Token ") cat("============================================ ")
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