mega进化树(mega进化树常见问题)

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MEGA是一个关于序列分析和比较统计的工具包，包括距离树构建方法和MP树构建方法。可以自动或手动进行序列比对，可以推断进化树，可以估计分子进化速率，可以进行进化假设检验，可以进行在线Web数据库搜索。下载后可以直接使用，主要包括几个功能软件:i)DNA和蛋白质序列数据分析软件。Ii)用于在序列数据被转换成距离数据后分析距离数据的软件。Iii)基因频率和连续元素分析软件。Iv)当序列的每个碱基/氨基酸被独立观察时(碱基/氨基酸只有0和1)分析序列的软件。v)绘制和修改进化树的软件，进行在线blast搜索。用MEGA构建进化树有以下步骤:

16S rDNA测序和参考序列选择:从环境中分离克隆，扩增16S rDNA序列，去重复后测序，然后与数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi比对，找出相似度最高的几个序列，确定你分离的细菌属于哪个科和属。如果相似度达到100%，基本可以确定你分离出来的就是Blast的那个，然后找一两个同家族成员，一两个同目的成员，一两个同类成员，把所有序列都放下来，以FSATA的形式整合到TXT文档中，比如:

参考序列选择有几个原则:A、不要选择未培养的微生物作为参考；b、选择的参考序列应该是正确的，没有错误的碱基；c、在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的物种；为每个种和属选择一个参考序列。如果自己的序列中有更多的同属，可以适当选择两个参考序列。

2.序列比对将排序后的序列导入clustalx1.83，如图所示。

然后:

程序自动运行，获得结果，并自动输出两个带有。aln和。免打扰后缀。序列比对也可以直接用MEGA完成。

打开程序MEGA，如下图所示:

megA3.1只能打开Meg格式的文件，但是可以转换其他格式的多序列比对文件，并且转换。梅格归档。aln格式(Clustal的输出文件)。单击“文件:转换为MEGA格式”以打开“文件转换”对话框，选择。aln文件由Clustal比较分析生成，从目标文件夹，并单击打开。

转换完meg文件后，会弹出提示信息，点击确定。

最后检查meg序列文件是否正常，如果有则删除。*行。单击“保存”保存meg文件，该文件将与aln文件保存在同一目录下。

关闭转换窗口，回到主窗口，现在点击我激活面板上的一个数据文件打开刚才的meg文件。

如果是蛋白质序列，选择“蛋白质序列”，电击“确定”得到如下图，输入后的数据，窗口下方是序列的文件名和类型。

在另一个窗口中，将出现以下数据文件。单击选择和编辑数据分类图标以编辑选定的序列，然后单击关闭。

编辑完序列后，您可以保存它。点击保存后，会出现如下界面。单击确定。

构造进化树的算法主要分为两类:离散字符法和距离法。所谓独立元法，是指进化树的拓扑形状是由序列中每个碱基/氨基酸的状态决定的(例如，一个序列可能包含多个限制性位点，每个限制性位点的存在是由几个碱基的状态决定的，即一个序列碱基的状态决定了它的限制性位点状态，当用进化树分析多个序列时，进化树的拓扑形状也是由这些碱基的状态决定的)。距离依赖法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定。进化树分支的长度代表了进化的距离。独立元法包括最大简约法和最大似然法。距离相关法包括去权法和邻接法。

系统发育→UPGMA

利用Bootstrap构建系统发育树，MEGA的主要功能是做Bootstrap验证的系统发育树分析，这是一种系统发育树的统计验证方法，可以作为系统发育树可靠性的度量。虽然算法不同，但操作方法基本相同。进化树的构建是一个统计问题。我们构建的进化树只是对真实进化关系的评价或模拟。如果采用合适的方法，我们构建的进化树将接近真正的“进化树”。模拟的进化树需要一种数学方法来评估。不同的算法有不同的应用目标。一般来说，最大简约法适用于满足以下条件的多个序列:I、待比较序列的碱基差异小，ii、序列中各碱基的变异率大致相等，iii、没有过度颠换/转换的倾向，iv、测试序列中的碱基数量多(几千个碱基以上)；用最大似然法分析序列不需要上述条件，但这种方法极其耗时。如果有许多已分析的序列，可能需要几天才能完成计算。

参数设置:系统发育→系统发育的自举检验→ NJ

②系统发育树的检验方法可以是Bootstrap或无检验。复制次数通常设置为至少100次，随机数种子可以随意设置，不会影响计算结果。一般选择500或者1000。有很多模型可以选择，默认是木村2参数，不同的模型有不同的算法。具体请参考专业的生物信息学书籍。设置，点击计算，开始计算。

输出:这个过程花费的时间与序列的数量和长度成正比，程序会生成这样的树。这个窗口有两个属性页，一个是原始树，一个是bootstrap验证的一致树。分支上的数字表示自举验证中分支可靠性的百分比。结果如下:

8.进化树的优化:1)使用该软件可以得到不同的树型，如下图所示:

另外，树的类型可以有很多种，你可以根据自己的需求来选择。2)显示成绩的相关信息:点击图标I

3)点击优化图标进行各种优化:在树列中，可以选择树的类型:矩形树/圆形树/辐射树。可以设置每棵树的长度、宽度或角度。