2025年脑胶质瘤二分类

科技前沿 • 2025-03-30 20:01 • 阅读 25

大家好，我是讯享网，很高兴认识大家。

数据情况：brats（brain tumor segmentation)是MICCAI举办的脑部肿瘤分割比赛，本次数据采用Brats18数据集，brats 2018中的训练集( training set) 有285个病例，每个病例有四个模态(t1、t2、flair、t1ce)，需要分割三个部分。一个MR序列有155张图片，每张图片的大小为240x240。

HGG :高级别胶质瘤（WHO3～4级）为低分化胶质瘤；这类肿瘤为恶性肿瘤，患者预后较差。
LGG :低级别胶质瘤（WHO1～2级）为分化良好的胶质瘤；虽然这类肿瘤在生物上并不属于良性肿瘤，但是患者的预后相对较好。

本次实验采用其中T1序列实现HGG和LGG二分类。

数据预处理：3D切片成2D

import os import SimpleITK as sitk import numpy as np import imageio import nibabel as nib from matplotlib import pylab as plt import cv2 from PIL import Image Folder=r'E:\data\BraTS17\MICCAI_BraTS_2019_Data_Training\MICCAI_BraTS_2019_Data_Training' subfolder=['HGG','LGG','image_HGG','image_LGG'] Path=Folder+"\\"+subfolder[1] filename_list=os.listdir(Path) for filename in filename_list: file_path = Path+'\\'+filename+'\\'+filename+'_t1.nii.gz' src = sitk.ReadImage(file_path) array = sitk.GetArrayViewFromImage(src) seg_file_path = Path+'\\'+filename+'\\'+filename+'_seg.nii.gz' seg_src = sitk.ReadImage(seg_file_path) seg_array=sitk.GetArrayViewFromImage(seg_src) filename=filename+'_t1.nii.gz' print(filename) # 找到病灶区域开始和结束的slice，并各向外扩张 z = np.any(seg_array, axis=(1, 2)) start_slice, end_slice = np.where(z)[0][[0, -1]] print("Cut out range:",str(start_slice) + '--' + str(end_slice)) # 截取保留区域 array = array[start_slice:end_slice + 1, :, :] seg_array = seg_array[start_slice:end_slice + 1, :, :] print("Preprocessed shape:",array.shape,seg_array.shape) for n_slice in range(array.shape[0]): cbct_slice = array[n_slice,:,:] #plt.imshow(cbct_slice, cmap='gray') #cbct_slice = ((cbct_slice - cbct_slice.min()) / (cbct_slice.max() - cbct_slice.min())) #cbct_slice = cbct_slice.astype("uint8") savepath = Folder+ "\\" +subfolder[3]+'\\'+ filename.rstrip('.nii.gz')+"_"+str(n_slice) + ".jpg" #np.save(savepath,cbct_slice)#(512, 512),dtype('uint8') imageio.imsave(savepath,cbct_slice)

讯享网

网络架构：resnet

讯享网

参考【使用pytorch搭建ResNet并基于迁移学习训练-哔哩哔哩】 https://b23.tv/GRynSUJ

参考文章:

MICCAI+BraTS+多模态+t1,t2,flair,t1c+HGG,LGG+WT,ET,TC - 知乎 (zhihu.com)

2025年脑胶质瘤二分类

相关推荐