ok计数器使用教程_药物设计软件Sybyl教程（三）：大分子蛋白准备过程

科技前沿 • 2025-03-18 22:56 • 阅读 17

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讯享网文 / 利刃君 微信ID / ziyuanliren666 全文共3067字，推荐阅读时间15分钟。

教程内容：

以SYBYL-X 2.0软件为例，对大分子蛋白受体利用BIOPOLYMER模块进行准备。

视频教程

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图文教程

1.导入蛋白

本教程中所用蛋白晶体结构由PDB数据库(http://www.rcsb.org/)搜索下载。点击File > Import File，Files of type选PDB，在Directory选择蛋白所在的文件位置，然后在Selection 列表中点击需导入的蛋白，点击OK。

2.分析蛋白结构 在工具栏点击Biopolymer > Prepare Structure > Structure Preparation Tool>Analyze Selected Structure对蛋白质结构进行分析。

分析结果显示，所有的氨基酸残基上的原子名称都是正确的以及主链原子编号都是正确的，对应图中的灰色选项部分，就不需要进行修改。显示为黑色的部分下面进行逐步的结构修正。 3.修补侧链 Repair Sidechain选项中显示共有24个需修补的氨基酸残基，在该行中点击Show显示需要修补的氨基酸残基。

点击Fix添加缺失原子，可

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