SingleR是一个用于对单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型自动注释的R包（Aran et al.2019）。依据已知类型标签的细胞样本作为参考数据集，对测试数据集中的细胞进行标记注释。
一 内置数据库
使用SingleR的最简单方法是使用内置参考对细胞进行注释。singleR自带的7个参考数据集，其中5个是人类数据，2个是小鼠的数据：
BlueprintEncodeData Blueprint (Martens and Stunnenberg 2013) and Encode (The ENCODE Project Consortium 2012) （人）
DatabaseImmuneCellExpressionData The Database for Immune Cell Expression(/eQTLs/Epigenomics)(Schmiedel et al. 2018)（人）
HumanPrimaryCellAtlasData the Human Primary Cell Atlas (Mabbott et al. 2013)（人）
MonacoImmuneData, Monaco Immune Cell Data - GSE (Monaco et al. 2019)（人）
NovershternHematopoieticData Novershtern Hematopoietic Cell Data - GSE24759（人）
ImmGenData the murine ImmGen (Heng et al. 2008) （鼠）
MouseRNAseqData a collection of mouse data sets downloaded from GEO (Benayoun et al. 2019).鼠）
二 数据库，R包
2.1 singleR包安装
if(!requireNamespace("BiocManager", quietly =TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SingleR")讯享网
2.2 加载数据集，数据
讯享网library(SingleR) library(celldex) library(Seurat) library(pheatmap) 下载注释数据库 hpca.se <- HumanPrimaryCellAtlasData() bpe.se<- BlueprintEncodeData()
2.3 查看seurat结果
使用Seurat包pbmc的结果，在Seurat标准流程介绍过。
（1）查看seuret聚类结果
load("pbmc3k_final.rds.RData") pbmc meta= #pbmc的meta文件，包含了seurat的聚类结果 head(meta)
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