ped文件怎么打开(ped格式的文件怎么打开)

ped文件怎么打开(ped格式的文件怎么打开)p 生物学习路的开始阶段 需要了解记录基因的相关文件 文件不了解 基因分析完全做不了 开始学习基因文件 p 基因文件形式主要分类两大类 ped map bed bim fam 第一组 在第一组文件中 做基因分析主要用 ped 文件即可 其中包含了每个个体

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 <p>生物学习路的开始阶段&#xff0c;需要了解记录基因的相关文件&#xff0c;文件不了解&#xff0c;基因分析完全做不了&#xff0c;开始学习基因文件。</p> 

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基因文件形式主要分类两大类:

  1. ped + map
  2. bed + bim + fam

第一组:

        在第一组文件中,做基因分析主要用ped文件即可,其中包含了每个个体、个体亲本、表现型、基因型在内的所有信息,map包含了ped中基因型的所有位置信息,该组数据方便人的阅读,但是在机器分析中运算速度低,不便于计算机使用。

        ped(pedigree)文件 


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FID IID PID MID Sex P rs1 rs2 rs3 1 1 0 0 2 1 CT AG AA 2 2 0 0 1 0 CC AA

AC

Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex Phenotype Genotypes … … 家族ID 个人ID 父亲ID 母亲ID 性别 表型 基因型

        map文件

chr snp identifier morgans bp units 染色体 snp标识 基因距离 碱基距离 1 rs1 0 1000 1 rs3 0 1001

第二组:

        该组文件主要是用于数据处理,bed文件是最大的文件,包含了最全的信息,计算机处理该文件速度较快,常用该组数据对基因数据进行分析。

        bed文件:二进制文件,打开看不懂。

        bim文件:

chr snp identifier 摩尔距离 物理距离 次要等位基因 主要等位基因 1 rs1  0 1000 0 c 2 rs3 0 1001 G A

        fam(family)文件:包括了家庭信息文件

FID IID PID MID Sex P 家族ID 个人ID 父亲ID 母亲ID 性别 表型 1 10000         0 0 1 1 1 10001 0 0 1 2

文件转换:

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