2025年生物数据库

生物数据库生物数据库的定义 生物数据库是被组织起来的大量生物数据 这些数据通过计算机可以被方便的访问 管理及更新 生物数据库的分类 核酸数据库 一级核酸数据库 存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据 如测序获得的核酸序列等 二级核酸数据库 是通过对一级数据中数据的分析整理归纳注释构建的具有特殊生物学意义和专门用途的数据库

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生物数据库的定义

生物数据库是被组织起来的大量生物数据,这些数据通过计算机可以被方便的访问、管理及更新。

生物数据库的分类

核酸数据库

一级核酸数据库:存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据。如测序获得的核酸序列等。

二级核酸数据库:是通过对一级数据中数据的分析整理归纳注释构建的具有特殊生物学意义和专门用途的数据库。如从三大核酸数据库和基因组数据库中提取并加工出的果蝇和蠕虫数据库。

蛋白质数据库

一级蛋白质数据库:存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据。如X射线衍射法获得的蛋白质三级结构等。一级蛋白质数据库又分为一级蛋白质序列数据库和一级蛋白质结构数据库。


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二级蛋白质数据库:是通过对一级数据中数据的分析整理归纳注释构建的具有特殊生物学意义和专门用途的数据库。如根据蛋白质三级结构数据库中的结构信息分析统计出的蛋白质结构分类数据库。

专用数据库

如文献数据库PubMed等。

文献数据库PubMed

PubMed拥有超过两百四十万的生物医学文献。它们来源于MEDLINE(生物医学文献数据库)、生命科学领域学术杂志以及在线的专业数据。这些文献部分提供全文链接。

一级核酸数据库

GenBank

GenBank,ENA与DDBJ共同构成国际核酸序列数据库合作联盟(INSDC)。通过INSDC,三大核酸数据库的信息每日相互交换、更新汇总,这使得他们几乎在任何时候都享有相同的数据。

图 1 原核生物的DNA序列信息
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