短序列比对软件——bwa和bowtie2软件的安装与使用
写在前面
因使用的是老师提供的账号，无sudo权限，老师已将下列软件提前帮我们安装好了，故安装步骤只提供了代码无上机演示图片
序列文件为老师提前准备好的，直接复制过来使用的，但文中有给出如何自己获取序列文件
目录
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- 短序列比对软件——bwa和bowtie2软件的安装与使用
- 1. bwa和bowtie2软件的安装
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- 1.1. bwa的安装
- 1.2. bowtie2的安装
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- 1.2.1. apt安装
- 1.2.2. conda安装
- 1.2.3. 预编译安装
- 2. 运行bwa将read比对到参考基因组
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- 2.1. 命令示例
- 2.2. 上机演示
- 3. 运行Bowtie2将read比对到参考基因组安装运行
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- 3.1. 命令示例
- 3.2. 上机演示
- 4. 比较bwa和bowtie2运行速度
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- 4.1. 命令示例
- 4.2. 上机演示
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