SAM信息中的一条：
SRR003161.2 0 chr7 60 4S153M1D132M1D5M1D28M1D73M3I12M1I40M54S * 0 0 TCAGTTTGAGATGGAGTTTCATTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTCACAGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCATCACGCCCAGCTAATTTGCATTTTTTATTAGAGATGGGGTTTCTCCACATTGGTCAGGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCTGAGCCCAACCTATTTACTTTCAATCCATCTTTTCAATAACTTAAATACAAGTGTCAATATATACAATCTTTTCCTCCCTGGTTATCAAGCTTTCTAATATATATGGATGTATCTTCCAAGGTTTTTGATCCCATTTTACTTTACAGGCTCACTGCTGTGGAACCCAGAGAGCAGTCTCTTTTCAAGGNGGGCTGAGACNCGCAACAGGGGATTAGGCCAAGGCNCAGG CCCCCCCCCCCCCCCC@@@CCCFEEEFEEG888EEEFFEEEEFGGGGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCA<777@@CCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC:93339@A>77//39ACC22CAAAA93333///7-0017>9999>>A???ACCCCCCC>9977<?????CCCCCCCCC1111::::5555:555:::::::::;:555:;;::::0040-----*--467::::;;;;;;::::555:::;::::::-------///245::;;;::::::;;;;;;;;:----------44-----064---------6--------,4------------!,,,!11:::7:::--7777---!---- NM:i:12 MD:Z:153^T40T91^T5^T28^G73G23C0G26 AS:i:379 XS:i:88 讯享网CIGAR信息为：
讯享网4S153M1D132M1D5M1D28M1D73M3I12M1I40M54S 理解：
1.s为soft clipping，4s即查询串的开始四个字符不考虑
2.然后153M表示接下来153个为匹配正确或者错误匹配的数量为153，位置从chr7的 开始，到为第146为，在往又7个字符都匹配，到第8个字符就有个“*”号，所以这146+7=153个字符都匹配这确或者匹配错误，没有删除和插入。
scala> -+1 res2: Int = 146
图1
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