2025年外显子测序

大家好，我是讯享网，很高兴认识大家。

和它能够给我们带来哪些有用的生物信息

那我们还是分两个部分来介绍

那么，我们先来说外显子测序的工作原理

我们先来看这张图

同时呐，这些探针都标上了生物素

杂交过程中，通过核酸序列的
互补结合的原理，探针会和
目标DNA片段进行结合

这样，就把我们要捕获的外显子目标
片段，通过探针，间接地结合到了
磁珠上

而把上清液呐给去掉

再用HiSeq 2500 V4 PE125的方法进行测序

测10个G的数据量

大约可以得到95X的“有效测序深度”

我们说的有效测序深度（effective
sequencing depth）是相对于总测序深度
来说的

那么这些片段呐，在杂交
过程当中，也会被杂交
捕获下来

所以，我们在分析过程
当中，首先要把这些
序列给去除掉

第二个影响因素呐

把原始的模板，扩增出几百倍来

它并不能为我们提供太多有用的生物信息

那么要去掉这些重复的片段

我们判断的依据是：2个DNA分子它们的
5'起始位置、和3'的结束位置，完全
一模一样

然后呐，我们会比较这2个序列的数据质量

我们发现duplication大约在5%左右

而是会随着测序深度的增加、而增加

也就是：双端各测125个碱基

那么Agilent的建库方法中当呐，插入片段
是150~200BP，这样一个大致范围的这些
片段

那么它的平均片段长度呐，是180BP

那么我们用双端125的方法来测序

就会导致左边的这个reads（序列）和
右边的这个reads（序列），读到当中，
会有一段，大概会有70BP的交叠

那这个70BP的交叠的序列，是冗余的序列

有70个BP呐，是冗余的

综合上述4项因素

并且用HiSeq V4 PE125的测序方法来测序

测10个G的数据量

这就是Reads的分布均匀情况

那么这个结果呐，是越均匀越好

科学家经过实测

讯享网

所得到的覆盖均匀性是比较好的

外显子测序，可以测Germline突变
（胚胎形成时就带有的突变），也
可以测体细胞突变（Somatic Mutation）

这个呐，就有利于测到 low allele
frequency （低等位基因频名优新）的
体细胞突变

那么如果是要测肿瘤中的体细胞突变呐

一般是拿手术切下来的肿瘤组织DNA、和
病人外周血中的白细胞基因组DNA，进行
外显子测序

一般肿瘤的测100~200X的深度

白细胞的（DNA）测100X的深度

和插入缺失突变，也就是Indel信息

依此类推，就得到这样一个泡泡图

想要了解的朋友可以在优酷中找一下：
【陈巍学基因】视频7：《RNA-seq方法
和应用》这一集

自己去看一下

那么，我们来说GO分析

这张图是GO分析的结果

柱子越高，则表示这个亚类当中突变越多

这是有向无环图

这是Pathway的KEGG富集分析

更深一步的分解分析

让我们更好地探索突变和病变之间的关系

这个比例小到了只有1~2%

外显子测序是看不到这些断点的

所以我们说：外显子测序对基因组的结构
变异--SV（Structure Variation）呐，
是不敏感的

也就是说，一个外显子片段上，它有多少
个reads(序列)被捕获下来，样本和样本
之间是有很大差异的

因为有这种忽高忽低呐

那么外显子测序呐，是可以发现的

那么，它就会有统计上的显著性

今天，我们在讲外显子组测序的同时呐

就设计了“Foundation One”这个Panel

还包含了28个经常发生重排的基因

但是因为它所选择的基因数远少于外显子

同时因为测序数据量较小

所以数据分析的难度也会小许多

耗时也会更短

以上呐，就是本期节目的全部内容

谢谢您的收看！我们下期节目再见

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