eggnog-mapper实现功能注释
eggNOG-Mapper介绍
通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠，毕竟你有可能找到的的是旁系同源基因。近期对多个工具的整体评估发现eggNOG(evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups)在区分旁系同源基因和直系同源基因上表现不错，因此基于eggNOG数据库开发了eggNOG-mapper工具，用于对新序列进行功能注释。
eggNOG-mapper的算法实现如下：
第一步：序列比对。首先，每条蛋白序列用HMMER3在整理的eggNOG数据库中搜索。由于每个HMM匹配都和一个功能注释的eggNOG OG对应，这一步就提供了初步的注释信息。之后，每条蛋白序列用phmmer在**匹配的HMM对应的一组eggNOG蛋白中进一步搜索。最后，每条序列的**匹配结果以 seed ortholog 形式存放，用于获取其他直系同源基因。目前eggNOG HMM数据库中拥有1,911,745个OG，覆盖了1,678种细菌,115种古细菌，238种真核物种以及352种病毒。除了HMMER3外，还而可用DIAMOND直接对所有的eggNOG蛋白序列进行搜索，它的速度更快，适合类似于宏基因组这类大数据集，或者是已有物种和eggNOG所收集的物种比较近。当然服务器性能强大的话，还是有限选择HMMER3.
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