上期主要介绍了hTFtarget的TF和Target两个模块的使用方法，本期将介绍Peak、Co-regulation、Co-association、Prediction四个模块的使用方法。
Peak
该模块可查看TF的ChIP-Seq峰。Peak模块页面如下，有细胞系和转录因子两个检索框，若只确定了其中一个条件，选择对应的检索框输入关键词即可。
比如，只确定目的细胞为K562，转录因子未定，在细胞检索框中输入或选择K562，页面下方会出现存在于该细胞的转录因子，包括关联的疾病。
选中感兴趣的转录因子，点击上方“Visualize”即可查看ChIP-Seq峰。
Co-regulation
该模块用于查询多个转录因子的共同靶标，或调节给定基因的转录因子。
在页面左侧文本框中输入多个转录因子，点击“Submit”可查询其共同靶标基因。右侧文本框中输入多个目的基因名称，点击“Submit”可查询调节所有目的基因的转录因子。
以查询多个转录因子的共同靶标功能为例，在本框中输入多个目的转录因子，点击“Submit”后页面下方出现转录因子共同靶标基因信息，点击文本框下方的“Download”即可下载查询结果。
Co-association
该模块用于预测查询细胞系中潜在的关联转录因子。页面左侧选择目的细胞，点击文件夹图标，细胞下方会显示该细胞中的转录因子，选择目的转录因子，页面右侧则显示该细胞中与目的转录因子关联的其他转录因子，鼠标悬停在红色条形上方即可查看相对重要性（RI）分数。RI分数表示两个转录因子之间关联的概率，分数越高表示在相应条件下的关联越强。
Prediction
该模块用于预测给定序列上潜在的转录因子结合位点。左侧文本框输入目的序列，选择感兴趣的转录因子，右侧文本框中则会显示选中的转录因子，点击“Predict”，页面下方即可显示预测的结合位点。预测结果中，绿色表示预测结果来自TRANSFAC/JASPAR/HOCOMOCO数据库，红色表示预测结果来自hTFtarget。
至此，hTFtarget的使用方法介绍结束，小伙伴们可以通过网站菜单栏中的Document模块查看功能模块的详细内容，包括数据来源，预测算法等。下期将介绍动物转录因子数据库AnimalTFDB，感兴趣的小伙伴可以留意一下哦~
汉恒专营工具病毒十余载，如有基因调控相关技术问题，欢迎随时咨询！
参考文献：
[1]Zhang Qiong, Liu Wei, Zhang Hong-Mei, Xie Gui-Yan, Miao Ya-Ru. hTFtarget: A Comprehensive Database for Regulations of Human Transcription Factors and Their Targets. Genomics, proteomics & bioinformatics, 2020, 18(2):120-128.
版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容，请联系我们，一经查实，本站将立刻删除。
如需转载请保留出处：https://51itzy.com/kjqy/204595.html