2025年Materials Studio 做分子动力学MD(CO2为例)

Materials Studio 做分子动力学MD(CO2为例)1 新建 CO2 模型 1 首先在 MS 中新建一个项目 命名为 MD 然后把 CO2 的 pdb 文件拖进来 pdb 文件可以根据 GaussianView 得到 百度也搜得到 2 然后建立块体 点击 Modules Amorphous Cell Calculation 如图所示

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1.新建CO2模型

(1)首先在MS中新建一个项目,命名为MD,然后把CO2的.pdb文件拖进来,.pdb文件可以根据GaussianView得到,百度也搜得到。


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(2)然后建立块体。点击Modules➡Amorphous Cell➡Calculation。如图所示。

(3)选择块体的大小,输入分子的个数,其他参数可以再具体设置。如图所示。

(4)运行出来后出现下图所示的界面。

2.导入力场force field。点击Modules➡Forcite➡Forcefield Manager,如图所示,打开力场的选择界面,根据自己的要求导入合适的力场,如图所示。

3.分子动力学模拟。点击Modules➡Forcite➡Calculation,如图所示。打开参数设置界面,如图所示。

然后就可以运行了,50个分子应该要不了多久的。运行结束后,会有一些中间的数据文件,比如能量、温度,如图所示。

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