Augur安装与使用

Augur&Auspice安装

参考官方技术文档安装：Augur

一、conda安装

安装命令

curl http://data.nextstrain.org/nextstrain.yml --compressed -o nextstrain.yml conda env create -f nextstrain.yml conda activate nextstrain npm install --global auspice # Optionally, if you want to use the nextstrain command nextstrain check-setup --set-default 

测试是否安装成功

讯享网condo activate nextstrain augur -h auspice -h nextstrain -h conda deactivate 

更新

讯享网

conda activate nextstrain pip install --upgrade nextstrain-augur nextstrain-cli npm update --global auspice 

二、使用python进行安装（版本3.4以上）

• augur安装

讯享网python3 -m pip install nextstrain-augur sudo apt install mafft iqtree raxml fasttree vcftools 

• npm安装auspice

   npm install --global auspice #更新 npm update --global auspice 

三、使用源码安装（python安装augur，npm安装auspice）

• augur

讯享网git clone https://github.com/nextstrain/augur.git python3 -m pip install or python3 -m pip install -e '.[dev]' 

• auspice

 # activate the correct conda enviornment conda activate auspice # grab the GitHub auspice repo git clone https://github.com/nextstrain/auspice.git cd auspice # install dependencies and make `auspice` available globally npm install --global # build auspice (builds the JS client bundle using webpack) auspice build # test it works auspice --version 

Augur的使用

参考Augur解析文档：augur parse

一、sequences&metadata预处理

1. metadata文件strain和fasta文件头要一一对应（导致filter出错
2. 注意日期格式：Y-M-D(导致refine出错
3. 注意metadata空的地方补‘？’，？号格式要注意，encoding=‘utf-8’（数据处理出错
4. 注意reference不要放在一起比对（突变统计时蛋白出错
5. 配置文件（颜色、经纬度、显示

二、运行命令

• filter（把序列和原数据不匹配的部分过滤掉）

  讯享网augur filter --sequences [sequence position&name.fasta] --metadata [metadata position&name.tsv] --output [output file position&name] 

• align(多序列比对，使用内置的mattf实现）

  augur align --sequences [filtered file position&name] --output[output file position&name] --fill-gaps(设置gap参数,默认false） 

• tree（建树，默认使用iqtree建树）

  讯享网augur tree --alignment [aligned file position/name.fasta] --output [file position/name.nwk] 

• refine (优化，指定净化率、置信区间、指定根…）

  augur refine --tree [file position/name.nwk] --alignment [aligned file position/name.fasta] --metadata [metadata position&name.tsv] --output-tree [file position/name.nwk] --output-node-data [file position/name.json] --timetree (时间树) --coalescent opt (时间标度，逆时针频率） --data-confidence (置信区间） --data-inference marginal --clock-filter-igd 4 （时钟过滤） 

• traits (确实数据重构,数据缺失处要补?）

  讯享网augur traits --tree [file position/name.nwk] --metadata [metadata position&name.tsv] --output [file position/name.json] --columns [columns name...]（在这些字段上进行离散重构） --confidence (记住次要领导的分布） 

• ancestral (基于树推断祖先序列）

  augur ancestral --tree [file position/name.nwk] --alignment [aligned file position/name.fasta] --output-node-data [file position/name.json] --output-sequences [file position/name.fasta] --inference joint 

• translate (翻译成蛋白质序列）

  讯享网augur translate --tree [file position/name.nwk] --ancestal-sequences [node-data file position/name.json] --reference-sequence [position/name.gb] --output [positon/name.json] 

• export（导出适合可视化的json文件）

  augur export v2 --tree [file position/name.nwk] --metadata [metadata position&name.tsv] --node-data [traits.json ancestral.json translate.json] --color [config file] --aupice-config [aupice config file] --output [json file] 

• 可视化
  auspice view --datasetDir [json file position]

eg:

讯享网augur filter --sequences data/sequences_beijing.fasta --metadata data/metadata.tsv --output results/filtered.fasta augur align --sequences results2/filtered.fasta --output results2/aligned.fasta --fill-gaps augur tree --alignment results2/aligned.fasta --output results2/tree_raw.nwk augur refine --tree results2/tree_raw.nwk --alignment results2/aligned.fasta --metadata data2/metadata2.tsv --output-tree results2/tree.nwk --output-node-data results2/branch_lengths.json --timetree --coalescent opt --date-confidence --date-inference marginal --clock-filter-iqd 4 augur traits --tree results2/tree.nwk --metadata data2/metadata2.tsv --output results2/traits.json --columns region country --confidence augur ancestral --tree results2/tree.nwk --alignment results2/aligned.fasta --output-node-data results2/nt_muts.json --output-sequences results2/nt_muts.fasta --inference joint augur translate --tree results2/tree.nwk --ancestral-sequences results2/nt_muts.json --reference-sequence config2/NC_045512.gb --output results2/aa_muts.json augur export v2 --tree results2/tree.nwk --metadata data2/metadata2.tsv --node-data results2/branch_lengths.json results2/traits.json results2/nt_muts.json results2/aa_muts.json --colors config2/colors.tsv --auspice-config config2/auspice_config.json --output auspice2/Beijing.json 

Auspice部署至服务器上

参考Auspice技术文档：Auspice

1. 修改hosts文件localhost ip
   #Ubuntu
   sudo vim /etc/hosts
   
   把localhost前面ip改为 局域网ip（mac同）
2. 添加localhost解析
   127.0.0.1 baidu.com
3. 重启网络
   sudo /etc/init.d/networking restart