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2025年使用KOG数据库进行注释

科技前沿 • • 阅读 40

使用KOG数据库进行注释进行 KOG 注释的方法和 COG 一致 对真核生物使用 KOG 注释 wget ftp ftp ncbi nih gov pub COG KOG kyva makeblastdb in kyva dbtype prot title kog parse seqids out opt biosoft ncbi blast 2 2 28 db kog

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进行KOG注释的方法和COG一致。对真核生物使用KOG注释：

$wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/KOG/kyva

$makeblastdb -in kyva -dbtype prot -title kog -parse_seqids -out /opt/biosoft/ncbi-blast-2.2.28+/db/kog -logfile /opt/biosoft/ncbi-blast-2.2.28+/db/kog.log

$cat /opt/biosoft/ncbi-blast-2.2.28+/db/kog.log



然后，使用Blastp将基因组蛋白质序列比对到COG数据库

$blast.pl blastp kog proteins.fasta 1e-5 4 kog 5


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$blast.pl blastp kog proteins.fasta 1e-5 4 cog 5


下载KOG数据库的koghefun.txt文件。kog文件包含KOG编号和KOG数据库中序列名的对应关系，也包含KOG编号和25个大类的对应关系；fun.txt是25个大类的描述性信息。我们根据这2个文件的信息来编写程序对Blast的结果进行处理，得到KOG注释。

$mkdir ~/bin/kog

$wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG/whog -P ~/bin/kog

$wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG/fun.txt -P ~/bin/kog

$kog_from_xml.pl kog.xml 1e-5


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