菌种保藏是指保持微生物菌株的活力和遗传性状的技术。微生物在使用和传代过程中容易发生污染、变异甚至死亡，因而常常造成菌种的衰退。菌种保藏的目的就是使菌株存活、不丢失、不污染杂菌、不发生或少发生变异，保持菌种原有的活性和各种特征。菌种保藏的基本原理是使微生物的生命活动处于半永久性的休眠状态，也就是将微生物的新陈代谢作用限制在最低范围内。
实验室常用的保菌方法有：甘油保菌法、斜面保菌法、穿刺保菌法、液体石蜡覆盖保藏法、沙土保藏法、冷冻干燥法。微基生物在以上几种菌种保藏方法的基础上，开发出了保菌效果更好瓷珠保菌法。
一、甘油保菌法
此方法适用于菌种的中长期保藏，保藏时间可在1年以上。由于甘油本身十分粘稠，很难定量，因此一般将甘油和生理盐水按1:1的比例配成终浓度为50%的甘油溶液。使用时，按50%甘油：菌液=1:1的比例混合，使甘油终浓度在20-30%即可，甘油浓度过高或过低都不利于菌种保藏。将甘油菌种转移至-80℃冰箱长期冻存。需要取用菌种的时候，将冻存管放在37℃
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