病原感染仍然是威胁全世界人类健康的巨大问题，给临床诊断和治疗带来了沉重负担。临床上传统的病原鉴定主要以培养和生化检测为基础，但随着下一代测序技术的不断进步，宏基因组测序（mNGS）极大的提高了病原检测的效率，并有助于识别难以培养的病原微生物；此外，通过测序识别抗生素抗性微生物也为改善治疗方案提供了依据。然而，mNGS在临床应用方面仍面临诸多障碍，尤其是当检验样品总量少、样本微生物含量低时，如咽拭子样品、支气管肺泡灌洗液样品、血液样品和脑脊液样品等。同时，由于宿主细胞和核苷酸在这些样本中往往占比很大（通常>90%的宿主成分），极大地降低了微生物鉴定的测序效率。
以Oxford Nanopore Technology测序技术为代表的三代测序拥有快速制备文库及超长读长等优势，能有效提高临床样本中病原的检测。与此同时，ONT直接RNA测序技术也为临床样本中RNA病原无偏的检测提供了可能。至此，中国科学院微生物研究所王军课题组与解放军总医院呼吸与危重症医学部、南方医科大珠江医学院和北京大学第三医院合作，收集了肺泡灌洗液（BALF）、脑脊液（CSF）和血液（Blood）样本，建立了RNA/cDNA靶向测序（mtNGS），以减少临床样本中的宿主核苷酸比例，并通过与牛津纳米孔技术（ONT）相结合（mtTGS）以缩短测序时间。
研究表明，与mNGS相比，mtNGS提高了微生物读数的比例，促进了细菌病原的鉴定，并能对真菌、病毒和抗生素抗性基因进行检测，与传统临床检测结果基本一致。此外，基于ONT的mtTGS由于其较长的读长优势进一步提高了病原微生物的鉴定，也加快了诊断的时间。利用ONT的直接RNA测序和靶向测序的测试表明，ONT显示出重要的病原检测潜力，但仍需进一步发展。因此，这项研究表明靶向RNA的临床样本病原检测有更高的潜力，特别是当与ONT的发展和技术更新相结合时。
上述研究成果已于2021年10月在Advanced Science期刊上发表，中国科学院微生物研究所病原免疫重点实验室助理研究员赵娜、博士生曹佳宝、助理研究员徐嘉悦、北京大学第三医院刘贝贝博士、解放军总医院第八医学中心呼吸与危重症医学部博士生刘斌、南方医科大学珠江医学院陈定强博士为第一作者，中国科学院微生物研究所王军研究员、南方医科大学珠江医学院周宏伟教授、解放军总医院第八医学中心呼吸与危重症医学部解立新主任为通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、中国科学院先导项目和科技部重点研发计划等项目的经费支持。
全文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.
相关阅读
【9.23直播】使用Nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组
猜你喜欢
10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发NatureCell专刊肠道指挥大脑
系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组
专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人
一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树
必备技能：提问 搜索 Endnote
文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical
扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图
16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun
在线工具：16S预测培养基 生信绘图
科研经验：云笔记 云协作 公众号
编程模板: Shell R Perl
生物科普: 肠道细菌 人体上的生命生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘
写在后面
点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读
版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容，请联系我们，一经查实，本站将立刻删除。
如需转载请保留出处：https://51itzy.com/kjqy/33085.html