Mauve是一种在存在大规模进化事件（如重排和反转）的情况下构建多个基因组比对的软件。多重基因组比对为比较基因组学研究和全基因组进化动力学研究提供了基础。更多详细的介绍可以点此进行了解。
最新的版本是2015年。作者团队在官网上已经表明，该软件免费提供，但不再积极开发。不保证任何发给作者的电子邮件都会得到答复。错误可以报告给github 问题跟踪器，但不会由软件的原始作者修复。
查阅了网上较多的信息，主要集中在本软件的使用，但中途其实会遇到很多奇妙的问题。这里我列出我是如何安装，并正确解决遇到的问题和得到想要的结果。
核心依赖项就是Java，但是存在Java明明安装了，就是Mauve无法正确识别Java路径或者是否安装。
环境基本信息
Win11运行Vmare16；Vmare16安装Ubuntu22.04；Ubuntu22.04安装anconda22.10。
具体配置过程可以通过网络帖进行学习，此处省略。
Mauve安装
在Ubuntu上的安装，相对简单，只需要将包下载下来即可。包的地址点此进行跳转。
#终端直接代码下载安装包 wget https://darlinglab.org/mauve/snapshots/2015/2015-02-13/linux-x64/mauve_linux_snapshot_2015-02-13.tar.gz #解压至当前文件夹，或者你可以自己定义解压到你想解压的文件路径 tar -zxvf mauve_linux_snapshot_2015-02-13.tar.gz #解压即可Java安装
对于Mauve软件，是需要有Java才能正常运行的。很多网友存在的问题是我已经安装Java了，但是软件还是提示缺少java组件或者版本不对应。通过查阅网上的介绍，在这列出了**的解决办法，推荐用老一点的版本如Java-jdk(8.0.12)，并且修改掉Mauve软件中的java路径。
讯享网#这里推荐的是使用conda 建一个环境来专门放Mauve需要的Java conda activate conda create -n Javajdk #环境名字为Javajdk conda activate Javajdk conda install -c bioconda java-jdk #在该环境中安装java-jdk=8.0.112 locate java | grep java$ | grep -w bin #这里如果提醒locate未安装，那就按要求安装就行了 #运行上一行代码会列出系统中所有的Java路径，我们要关注的是conda安装的这个java-jdk的路径
到这两部分软件都安装成功后，需要额外进行的步骤是，修改Mauve文件。进入到Mauve软件解压的文件夹中。查找一个名为Mauve的shell脚本，用文本编辑器打开。如下图：
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