2026年Mikado转录本注释工具[可运行源码]

科技前沿 • 2026-04-10 14:20 • 阅读 0

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      Mikado - 转录本注释工具演示

 
  
    
     
  
    
     
      
      🧬 Mikado 
      
      
       
       介绍 
       工作流程 
       命令示例 
       配置文件 
       
      
     
  
    
     
  
    
     
      
       
       Mikado 转录本注释工具 
        从多个转录组组装工具得到的转录本里挑选出最好的结果作为基因组的结构注释， 基于同源蛋白比对结果对转录本打分  
        
         
         
           编程语言 
          
         
           Python 3 
          
         
         
         
           安装方式 
          
         
           Bioconda 
          
         
         
         
           主要功能 
          
         
           转录本筛选 
          
         
        
       
      
     
  
    
      
 
   
    
  
    
     
      
       
       📦 软件安装 
        
        # 使用 bioconda 进行安装  
        conda create -n mikado mikado 
        打开 Python 进行测试 
        python >>> import Mikado >>> Mikado.test()

 
  
    
     
  
    
     
     🔄 工作流程 
      
       
       
        
        
          1️⃣ 
         
        准备输入文件 
         
         ✓ 参考序列 (FASTA) 
         ✓ GTF 注释文件 
         ✓ 蛋白数据库 
         ✓ 转录组数据 (FASTQ) 
         
        
       
       
       
        
        
          2️⃣ 
         
        创建配置文件 
         
         ✓ daijin configure 
         ✓ 设置比对软件 
         ✓ 设置组装工具 
         ✓ 配置打分文件 
         
        
       
       
       
        
        
          3️⃣ 
         
        运行组装 
         
         ✓ daijin assemble 
         ✓ 生成 GTF 文件 
         ✓ 统计结果 
         ✓ 质量评估 
         
        
       
       
       
        
        
          4️⃣ 
         
        Mikado 筛选 
         
         ✓ daijin mikado 
         ✓ 转录本打分 
         ✓ 挑选**结果 
         ✓ 输出最终注释 
         
        
       
      
     
  
    
      
 
   
    
  
    
     💻 核心命令示例 
      
      
       
       步骤 2: 创建配置文件 
        
        daijin configure --scheduler ""  
        –scoring dmelanogaster_scoring.yaml –copy-scoring dmelanogaster_scoring.yaml -m permissive –sample-sheet sample_sheet.tsv –flank 500 -i 50 26000 –threads 2 –genome Reference/Drosophila_melanogaster.BDGP6.dna.toplevel.fa -al hisat -as stringtie -od Dmelanogaster –name Dmelanogaster -o daijin.yaml –prot-db Reference/Aedes_aegypti.fasta

  
 
   
    
  
    
     
      
      关键参数: 
       
       -o: 配置文件名 
       --threads: 线程数 
       --genome: 参考序列 
       -al: 比对软件 (hisat) 
       -as: 组装工具 (stringtie) 
       
      
      
      推荐设置: 
       
       不推荐 CLASS2 (GTF 为空) 
       不推荐 Trinity (有 bug)

2026年Mikado转录本注释工具[可运行源码]

Mikado 转录本注释工具

📦 软件安装

打开 Python 进行测试

🔄 工作流程

准备输入文件

创建配置文件

运行组装

Mikado 筛选

💻 核心命令示例

步骤 2: 创建配置文件

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