1、blast2go数据库简介

2、blast2go本地化

blast2go有两种方式进行检索：在线联网方式和本地不联网方式。这里我们主要是介绍本地不联网方式（基于Nr数据库注释）。

2.1 MySQL数据库的安装

这里采用的数据库是mysql数据库，具体安装参考Mysql。由于下载的Nr数据库比较大，我们需要更改数据库的保存路径，具体参考Mysql更改存储位置。

2.2 Nr数据库下载与解压

$ wget -c -b -N --progress=dot:mega http://archive.geneontology.org/latest-full/go_-assocdb-data.gz $ wget -c -b -N --progress=dot:mega ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz $ wget -c -b -N --progress=dot:mega ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz $ wget -c -b -N --progress=dot:mega ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz $ wget -c -b -N --progress=dot:mega http://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip $ wget -c -b -N --progress=dot:mega http://blast2go.com/public-data/local_b2g_db.zip $ gzip -dv go_-assocdb-data.gz $ gzip -dv gene_info.gz $ gzip -dv gene2accession.gz $ gzip -dv idmapping.tb.gz $ unzip b2g4pipe_v2.5.zip $ unzip local_b2g_db.zip $ cp local_b2g_db/* . 

2.3 基于MySQL构建本地数据库

讯享网#!/bin/sh godbname=go_-assocdb-data dbname=b2gdb # 首先在MySQL中创建数据库；无特殊要求，后续也会通过程序指定该命令定义的数据库名称 dbuser=root # 数据库的root账号 dbpass=passwd # 安装MySQL时，设置的root密码 dbhost=127.0.0.1 # 默认不要修改，否则需要后续修改blast2go数据库的配置文件（b2gPipe.properties） path=$PWD # 下载的Nr数据库文件的存放路径 mysql -h$dbhost -P 3306 -u$dbuser -p$dbpass $dbname < b2gdb.sql mysql -h$dbhost -u$dbuser -p$dbpass $dbname < $godbname mysql -h$dbhost -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene2accession"' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';" mysql -h$dbhost -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene_info"' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';" echo Finished, now use Blast2GO to import the PIR mapping data-file; 

上述shell脚本完成了数据库的导入操作：主要导入了go_-assocdb-data.gz，gene2accession 和 gene_info
注意： 需要个性化定制b2gdb.sqlSQL语句。如下部分需要更改：

# mysql 在创建 ci_sessions 表的时候报错：ERROR 1101 (42000): BLOB/TEXT column can’t have a default value # 这是因为text或blob字段不允许有缺省值，这是由于strict mode导致的 # 可以通过 select @@sql_mode 查看模式规则，然后复制所有规则，并去除 STRICT_TRANS_TABLES # 使用 set session sql_mode='。。。' 进行会话的设置（不改变全局的） SET SESSION SQL_MODE='ONLY_FULL_GROUP_BY,NO_ZERO_IN_DATE,NO_ZERO_DATE,ERROR_FOR_DIVISION_BY_ZERO,NO_AUTO_CREATE_USER,NO_ENGINE_SUBSTITUTION'; DROP DATABASE IF EXISTS b2gdb; # 与shell配置保持一致 CREATE DATABASE IF NOT EXISTS b2gdb; GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'root'@'localhost' IDENTIFIED BY 'Apt@2022'; # 与shell配置保持一致 FLUSH PRIVILEGES; USE b2gdb; 

2.4 导入idmapping文件

• 新版导入方式

讯享网java -cp .:mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar: ImportIdMapping \ idmapping.tb localhost b2gdb blast2go blast4it 

在新版本中，local_b2g_db.zip中包含3个文件：b2gdb.sql，ImportIdMapping.class和mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar。

讯享网

• b2gdb.sql：创建了b2gdb数据库（MySQL database）和表（MySQL table）
• b2gdb数据库的用户名是blas2go,密码blast4it
• mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar：将 idmapping.tb 导入到本地 b2gdb 数据库的 gi2uniprot 表中
• 旧版导入方式

/home/chenlianfu/programs/jre1.7.0_04/bin/java -cp /home/chenlianfu/programs/blast2go/b2g4pipe/blast2go.jar:/home/chenlianfu/programs/blast2go/b2g4pipe/ext/mysql-connector-java-3.0.11-stabes-bin.jar es.blast2go.prog.util.ImportPIR idmapping.tb localhost b2gdb root passwd TRUE # localhost， b2gdb， root和passwd 依据 install_blast2go_database.sh 中设定的而定。 

2.5 修改blast2go数据库的配置文件

该文件为：/b2g4pipe/b2gPipe.properties 或者 blast2go/configuration/b2gPipe_55.properties（基于前者自定义的）

讯享网# 修改为 install_blast2go_database.sh中设定的 // GO and B2G Data Access Basic Dbacces.dbname=b2gdb Dbacces.dbhost=127.0.0.1 #Dbacces.dbhost=10.0.2.1 Dbacces.dbuser=root Dbacces.dbpasswd=Apt@2022 

2.6 执行注释

需要先获得blast和interproscan的注释结果，再进行命令行运行。有两种运行的方法：

$ java -Xmx1000m -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe $ java -Xmx1000m -jar blast2go.jar