1、基因树(Gene tree): 当一个分子系统树是根据某一个基因数据构建而来的,称为基因树.
2、物种树(Species tree): 是指代表一组物种进化过程的系统树.
3、基因树与物种树的关系
分子系统学的目的,就是通过分子树来推测物种树.在许多情况下这两者是一致的。
基因树与物种数的冲突原因：1、随机误差 2、系统误差（不同物种中进化速率存在差异） 3、生物学因素 参考：http://www.docin.com/p-959573225.html
4、建树方法：（参考：https://wenku.baidu.com/view/54bd36d6360cba1aa811dad5.html）
4.1 基于距离
UPGMA法 (unweighted pair group method using arithmetic average)
邻接法NJ法 (neighbor joining method) 即NJ 法
4.2 基于特征
最大简约法(Maximum Parsimony Method) 即MP法
最大似然法(Maximum Likelyhood Method) 即ML法
贝叶斯法（bayesian inference ）即 BI 法
5、进化树可靠性评估
5.1 boostraping method （
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