最近看到两个在肿瘤领域高频出现的词HRR和HRD， 遂简单记录下。
HRR和HRD的概念
当细胞受到外界不良环境的压力下往往会导致DNA的损伤，此时便会触发DNA 损伤反应 (DDR)，从而激活许多DNA修复通路。在这些DNA损伤中，DNA 双链断裂（DSB） 是最具遗传毒性的 DNA 损伤形式。正常情况下，细胞可以通过同源重组修复 (HRR) 有效修复 DSB，这是一种高效且几乎无错误的 DSB 修复途径。因此他对基因组稳定性具有重要意义。 而一旦 HRR 能力丧失 产生相关基因组不稳定性的表型我们就称之为同源重组缺陷（HRD) 。
HRD和肿瘤治疗
HRD检测
那HRD怎么检测呢？基因测序的技术在其中发挥了重要作用[2,3]。
那HRD score 具体怎么计算呢？
目前同源重组评分主要有三种[4]：
- HRD-loss of heterozygosity score (LOH)
- HRD-telomeric allelic imbalance score (TAI)
- HRD-large-scale state transition score (LST)
HRD-LOH: 长于 15 Mb 的染色体 LOH 区域的数量。
TAI: 计算具有等位基因失衡的亚端粒区域的数量，这些区域从着丝粒开始延伸到端粒。
LST: 大于 10 Mb 的区域之间的断点数。
可以通过R程序分析实现, 一些工具如scarHRD（https://github.com/sztup/scarHRD）等
参考资料：
- How JA, Jazaeri AA, Fellman B, Daniels MS, Penn S, Solimeno C, Yuan Y, Schmeler K, Lanchbury JS, Timms K, Lu KH, Yates MS. Modification of Homologous Recombination Deficiency Score Threshold and Association with Long-Term Survival in Epithelial Ovarian Cancer. Cancers (Basel). 2021 Feb 24;13(5):946. doi: 10.3390/cancers. PMID: ; PMCID: PMC.
- Timms K.M., Abkevich V., Hughes E., Neff C., Reid J., Morris B., Kalva S., Potter J., Tran T.V., Chen J., et al. Association of BRCA1/2 defects with genomic scores predictive of DNA damage repair deficiency among breast cancer subtypes. Breast Cancer Res. 2014;16:475. doi: 10.1186/s13058-014-0475-x.
- Telli M.L., Timms K.M., Reid J., Hennessy B., Mills G.B., Jensen K.C., Szallasi Z., Barry W.T., Winer E.P., Tung N.M., et al. Homologous Recombination Deficiency (HRD) Score Predicts Response to Platinum-Containing Neoadjuvant Chemotherapy in Patients with Triple-Negative Breast Cancer. Clin. Cancer Res. 2016;22:3764–3773. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-15-2477.
- Marquard, A.M., Eklund, A.C., Joshi, T. et al. Pan-cancer analysis of genomic scar signatures associated with homologous recombination deficiency suggests novel indications for existing cancer drugs. Biomark Res 3, 9 (2015). https://doi.org/10.1186/s40364-015-0033-4
版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容，请联系我们，一经查实，本站将立刻删除。
如需转载请保留出处：https://51itzy.com/kjqy/19920.html