文章目录
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- 一、甲基化芯片简介
- 二、ChAMP包简介
- 三、具体处理流程
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- （一）数据准备
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- 1.使用ChAMPdata包中的数据
- 2.数据库下载，以GEO为例说明数据准备
- （二）数据读取与过滤`champ.load`
- （三）可视化查看质量控制情况`champ.QC`
- （四）数据标准化 `champ.norm`
- （五）批次效应
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- 1.查看是否有批次效应`champ.SVD`
- 2.校正批次效应`champ.runCombat`
- （六）甲基化分析
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- 1.champ.DMP
- 2.champ.DMR
- （七）找拷贝数变异CNA`champ.CNA`
- （八）GSEA分析`champ.GSEA`
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