conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换,conda支持python、R、 ruby、 lua、 scala、 java、 javaScript、 C/ C++、 fortran等多种语言,还支持大部分生信软件的安装。
首先介绍如何安装conda;接着介绍如何用conda创建虚拟环境和虚拟环境中安装软件;随后简单介绍一个例子,用conda创建python的虚拟环境;随后介绍用conda创建R语言运行环境;接着介绍用conda管理perl语言环境;最后介绍用conda安装生信软件。
首先介绍如何安装conda;
随后介绍使用conda创建虚拟环境,并在虚拟环境中安装软件;
使用conda创建环境、进入环境、删除环境等;
使用conda在虚拟环境中安装软件;
随后简单介绍一个例子,用conda创建一个python环境;
创建一个python环境,并在虚拟环境中安装tensorflow gpu 1.14.0版本库;
随后介绍如何使用conda来管理自己的R语言环境;
R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
如果需要安装4.0的版本,可以通过以下步骤安装,4.0版本暂时无法通过conda安装rstudio
接着介绍用conda管理perl语言环境;
最后介绍通过conda安装生信软件。
bioconda 就是一个conda中专门用来提供生信软件的 channel,提供有超过7000个的生信软件,以下是通过conda安装生信软件的例子
更多关于生信软件安装的例子,可以查看链接

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