非编码RNA（ncRNAs）在植物生物学中起着至关重要的调节作用，影响发育、胁迫反应和适应。最近的进展强调了ncRNAs通过复杂的分子机制介导这些过程的重要性。除了它们的调节功能外，许多ncRNAs还具有通过其小的开放阅读框（sORFs）编码小肽的能力。这些肽被称为ncRNA编码肽（ncPEPs），由5-60个氨基酸组成，提供了意想不到的基因调控和蛋白质功能层。自发现miRNA编码的调控肽miPEP171b和miPEP165a以来，这一概念最近已扩展到其他miRNA和其他ncRNA类型。miPEPs由pri-miRNA 5’区的第一个开放阅读框（miORF）编码，可增强其原始pri-miRRNA的转录。此外，这些NCPEP已被逐步证明具有可持续农业的潜力。因此，纳入ncPEPs提供了宝贵的见解，并扩展了我们对ncRNAs在植物生物学中的多方面作用的理解。
单细胞技术的出现彻底改变了我们对ncRNAs的理解，使我们能够在单细胞水平上详细探索它们的表达和调控网络。这允许对细胞特异性ncRNA功能及其对细胞异质性的贡献进行剖析，这对于理解植物复杂的生物过程至关重要。单细胞网络分析增强了我们描绘ncRNAs在不同细胞类型和发育阶段的精确调控作用的能力，为基础植物生物学和农业应用提供了关键的见解。
图形摘要（图源自Nucleic Acids Research ）
已经建立了几个用于植物的综合ncRNA数据库，如GreeNC、PLncDB和PNRD，以支持这一新兴领域的研究。然而，这些数据库缺乏对ncRNAs潜在编码能力的关注，也没有纳入用于表达和相互作用分析的单细胞数据。这一差距阻碍了对细胞和分子水平上ncRNA功能的全面理解和探索。
为了解决这些局限性，研究开发了ncPlantDB，整合了全面的数据集，提供了翻译潜力信息，并结合了单细胞数据分析。ncPlantDB是研究人员不可或缺的资源，有助于深入探索植物基因组学中ncRNA和ncPEP的表达、相互作用和功能。预计ncPlantDB将为该领域做出重大贡献，并期待其被科学界采用。
参考消息：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkae1017/
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