PHP与Java的区别有：在运行机制上PHP是直接对文本代码进行解释编译而Java则先被编译成字节码再在虚拟机中进行二次编译；在处理并发上，Java是采取单进程多线程的方式，PHP是多进程
(1)运行机制
Java代码被编译成字节码后，会在虚拟机里由JIT进行二次编译成为本地码，据传言其执行速度可以和C++相媲美，经过我自己测试，用Java实现一个简单的Memcache协议的缓存服务器，在Java 1.6下运行，和memcache本身相比，同样数据量的存取时间比大概是3:2，虽然有差距，但是比想象的要好很多。Java 1.7在JIT方面做了大量的改进，性能比Java 1.6还要好。
PHP是直接对文本代码进行解释执行，即便有opcode缓存技术，仍然有不可逾越的性能鸿沟。PHP的opcode类似于java的class字节码，仍是解释执行。
(2)处理并发
Java在并发处理上采取单进程多线程的方式，web应用会随着web server的启动而启动，而来自web 浏览器的请求将被分配给线程池内的闲置线程处理，也就是说当有请求到达的时候，进程是准备好的，线程是准备好的，Java要做的仅仅是业务逻辑处理了。
PHP在并发处理上时采取多进程的方式，在web server里没有物理的web应用概念，每个请求都相当于一个独立的应用，而进程也随着请求的到达才启动，而随着请求的结束而消亡。在Fast CGI环境下，有类似于线程池的进程池技术，对性能提高有很大的帮助。然而一方面web server和Fast cgi通讯仍需要通过socket，多出了一定的IO损耗，另一方面进程池内的进程间也很难进行通讯，所以在并发处理上仍然无法和Java相比。
(3)数据库应用
Java可以采用数据库连接池技术，节省下数据库连接过程带来的时间损失。
PHP没有这个好处，原因来自上面的第二条。
在数据库接口上java有JDBC，PHP有PDO，这两个很类似。然而Java有非常多的ORM技术框架(如Hibernate)使数据库操作变得异常简单，而PHP的运行方式决定了它是ORM的禁区(当然也可以做ORM，只是做到什么程度是由你对ORM带来的性能损耗的忍受程度决定的)。
(4)缓存技术
Java是单进程，很多缓存可以直接在Java的heap中做，而无需借助外在的工具，当然也有很好的缓存框架，比如Ehcache，因为没有网络IO，所以性能非常高。
PHP多进程单线程决定了它只能借助外来的缓存服务器，比如Memcache.
(5)热部署
Java的热部署能力很弱，如果希望修个BUG而不停服是很难做到的。PHP天然热部署。
(6)开发成本
一个好Java程序员所需的知识储备更多，开发、调试所需的周期较长，好点的web server也都是收费的。PHP免费、web server也免费。
(7)安全性
这个要看你怎么来定义安全性，如果是代码安全，java class反编译很容易，这点上来说两者差不多。Java有安全配置机制可保证一些“非法操作”无法执行，这点上来说PHP较弱。然而Java很容易因为一个BUG导致整个应用宕掉，PHP就安全的多。
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