1.概念
（Average Nucleotide Identity，ANI）平均核苷酸相似度是基因组同源片段之间平均的碱基相似度，是在核苷酸水平比较两个基因组亲缘关系的指标，常用于研究基因组之间的进化距离。
2.分类（ANIb和ANIm，ANI和OrthoANI)
概念和原理有一位大佬讲的比较好，链接
注意：ANIb适合远缘物种，ANIm适合近缘物种。
3.在线计算
3.1 Kostas lab
网址：http://enve-omics.ce.gatech.edu/ani/index
优点：简单，只要提交自己的文件就行。
缺点：运行时间长，只能单对单（可能我不会单对多？）。
坑：提交Jobname时，不同任务要不同Jobname，不然可能出错。
3.2 Ezbiocloud
网址：http://www.ezbiocloud.net/tools/ani
优点：简单，运行快
缺点：不能多对多
坑：有时候会打不开，不知道为啥。
3.3 JspeciesWS
网址：http://jspecies.ribohost.com/jspeciesws/
Jspecies的在线版
教程：在线ANI分析神器JSpeciesWS，你值得拥有！ _基因组 (sohu.com)
优点：能够多对多，运行时间少，可以计算ANIb和ANIm.
缺点or坑：1.对基因组大小有要求
2.网页给的预估时间比实际运行时间要长的多，可能会吓退一些人。
4.一些计算软件
4.1.FastANI
坑：只能显示大于80%的结果。就会导致虽然正确运行，但没结果。。然后自己不知道哪里错了。可能还会在安装的时候遇到问题，C库的问题。
4.2.PyAni
github网址：https://github.com/widdowquinn/pyani
安装教程可以看github，主要要先用conda创建一个py3.8环境。
教程也可以看github也可以看这个
可以，很好用。
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