含12个碱基对的DNA由A型向B型的转换，并进行了一些结果分析。
将A型DNA进行最小化，加热，平衡、动力学模拟得到的轨迹进行动力学分析。
前三步均对DNA进行了限制。
这个教程里还分别对生成的轨迹文件，以及parm文件进行了去水处理，但由于缺少parm的python脚本文件，我便没有进行去水处理，直接进行了轨迹的分析。
需要用到的文件：dna.prmtop和md.nc。
1、测量RMSD并将其保存到名为all的数据集中，使用第一帧作为参考。计算残基1-24的所有非氢原子的RMSD：
>rmsd all first :1-24&!@H= out rmsd-all.agr mass
2、测量残基2-10，15-22的所有非氢原子的rmsd。
>rmsd notail first :3-10,15-22&!@H= out rmsd-all.agr mass
接下来，xmgrace rmsd-all.agr
3、pucker计算：可以检查构象改变。
计算残基5、6、7、8的C1'到O4‘的旋转。’（伪褶皱旋转，角度调整为360度，而不是-180度到180度）
>pucker pucker5: :5@C1' :5@C2' :5@C3' :5@C4' :5@C6' out pucker.agr type pucker ranger 360
>pucker pucker6: :6@C1' :6@C2' :6@C3' :6@C4' :6@C6' out pucker.agr type pucker ranger 360
>pucker pucker7: :7@C1' :7@C2' :7@C3' :7@C4' :7@C6' out pucker.agr type pucker ranger 360
>pucker pucker8: :8@C1' :8@C2' :8@C3' :8@C4' :8@C6' out pucker.agr type pucker ranger 360<
版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容，请联系我们，一经查实，本站将立刻删除。
如需转载请保留出处：https://51itzy.com/kjqy/117391.html